Патологоанатомическое отделение специализируется на диагностике заболеваний и опухолей человека, а также неопухолевой патологии. В отделении исследуют материал операционных и диагностических биопсий, поступающих из клинических отделений, дневного стационара и городских прикрепленных ЛПУ Департамента Здравоохранения г. Москвы.
В отделении также проводят консультативный пересмотр готовых микропрепаратов и уточняющую диагностику опухолей человека на материале операционных и диагностических биопсий из других лечебных учреждений.
В патологоанатомическом отделении ежегодно выполняется около 43 000 патоморфологических (гистологических) исследований.