Кафедра основана 1 июля 1968 года как клиника хирургии Центральной научно-исследовательской лаборатории (ЦНИЛ) Четвертого главного управления при Минздраве СССР, которая после смены целого ряда названий и ведомственной принадлежности в настоящее время является кафедрой хирургии с курсом эндоскопии ФГБУ ДПО «ЦГМА». Два года со дня основания клиникой заведовал известный хирург, профессор Николай Николаевич Каншин. С 1 июля 1970 года руководство клиникой было поручено члену-корреспонденту РАМН, профессору Олегу Ксенофонтовичу Скобелкину, с именем которого на долгие 16 лет были связаны многие успехи и достижения коллектива хирургов. Под руководством профессоров Скобелкина О.К. и Брехова Е.И. была сформирована уникальная научная школа, в которой выросла целая плеяда талантливых хирургов и ученых, среди них доктора медицинских наук Т.М. Титова, В.П. Башилов, В.В. Калинников. За цикл работ по проблемам лазерной хирургии в 1982 году профессорам Скобелкину О.К., Брехову Е.И. и Башилову В.П. была присуждена Государственная премия СССР, они также были награждены серебряной и бронзовой медалями ВДНХ СССР. В апреле 1986 года профессор Скобелкин О.К.  был назначен директором вновь организованного Научно-исследовательского института лазерной хирургии Минздрава СССР (в настоящее время Государственный научный центр лазерной медицины Федерального медико-биологического агентства Российской Федерации), с этого времени кафедрой заведует заслуженный деятель науки Российской Федерации, доктор медицинских наук, профессор Брехов Е.И. Под руководством Брехова Е.И. на кафедре ведется интенсивная научная работа по использованию различных источников высокой энергии в хирургии, оптимизации методов диагностики и лечения широкого спектра хирургических заболеваний.
За годы работы кафедры в клинической ординатуре и аспирантуре подготовлено более пятисот высококвалифицированных хирургов, многие из них возглавляют в настоящее время хирургические подразделения лечебно-профилактических учреждений Управления делами Президента Российской Федерации. Основным направлением деятельности кафедры является подготовка врачей-хирургов и врачей-эндоскопистов. Богатый запас теоретических знаний, большой опыт практической работы и преподавательской деятельности, широкий спектр научных интересов профессорско-преподавательского состава кафедры востребованы практическими врачами.
В настоящее время кафедра располагает отработанными технологиями и богатым опытом в обучении ординаторов и аспирантов, возможностью проведения циклов повышения квалификации и профессиональной переподготовки по специальностям «Хирургия», «Эндоскопия», а также для врачей смежных специальностей (пластических хирургов, акушеров-гинекологов, урологов).
Возможно получение (подтверждение) квалификационной категории по специальностям хирургия и эндоскопия.